More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5726 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5726  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.869518 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6479  AraC family transcriptional regulator  97.52 
 
 		 323 aa  610  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6918  AraC family transcriptional regulator  88.24 
 
 		 323 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1452  AraC family transcriptional regulator  87.31 
 
 		 323 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6376  AraC family transcriptional regulator  87.31 
 
 		 323 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7040  AraC family transcriptional regulator  87.31 
 
 		 323 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.165812  normal  0.300758 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4538  AraC family transcriptional regulator  83.01 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46400  putative transcriptional regulator  69.35 
 
 		 321 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000127078  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2360  AraC-like transcriptional regulator  61.31 
 
 		 310 aa  404  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1688  transcriptional regulator, AraC family  66.98 
 
 		 316 aa  399  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2008  transcriptional regulator, AraC family  63.43 
 
 		 315 aa  394  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232037  normal  0.400947 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2201  AraC family transcriptional regulator  63.52 
 
 		 315 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 297 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 346 aa  330  2e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  52.1 
 
 		 322 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 322 aa  309  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 321 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 314 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 314 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 314 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 314 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 314 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 325 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 328 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1549  AraC family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 318 aa  276  3e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.54804 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3158  AraC family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 314 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3041  AraC family transcriptional regulator  49 
 
 		 314 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.992467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7040  transcriptional regulator AraC family  49.66 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3119  AraC family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 314 aa  269  4e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3103  AraC family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 314 aa  270  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2489  AraC family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 314 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0844  transcriptional regulator, AraC family  48.47 
 
 		 312 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6454  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2964  putative transcriptional regulator  47.24 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35140  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 296 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.939049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  44.79 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  43.83 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  43.1 
 
 		 304 aa  241  7.999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3100  AraC family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0382  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 		 346 aa  237  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.91 
 
 		 318 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  42.91 
 
 		 318 aa  230  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 318 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  42.91 
 
 		 318 aa  231  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  42.91 
 
 		 318 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 318 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0339  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 329 aa  230  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  42.91 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 375 aa  229  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3137  AraC family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 294 aa  219  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 		 292 aa  215  8e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4119  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 296 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1993  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  38.44 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.613868  normal  0.0985954 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3270  AraC-like transcriptional regulator  39.15 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2425  AraC family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.989434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 306 aa  192  8e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  37.85 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1095  transcriptional regulator, AraC-family  38.29 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 315 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0780  transcriptional regulator, AraC family  36.53 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2256  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  35.5 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 338 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 338 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 338 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0833  transcriptional regulator, AraC family  34.56 
 
 		 302 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 329 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  35.13 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 331 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3673  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  169  8e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  34.07 
 
 		 307 aa  168  9e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000211  transcriptional regulator AraC family  35.27 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  37.55 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  34.95 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3357  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.784583  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>