More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7040 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7040  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 310 aa  633  1e-180  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0844  transcriptional regulator, AraC family  77.85 
 
 		 312 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1549  AraC family transcriptional regulator  73.57 
 
 		 318 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.54804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46400  putative transcriptional regulator  50.34 
 
 		 321 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000127078  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4538  AraC family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 323 aa  288  9e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5726  AraC family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 323 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.869518 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6479  AraC family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 323 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1452  AraC family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 323 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6376  AraC family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 323 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7040  AraC family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 323 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.165812  normal  0.300758 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6918  AraC family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 323 aa  278  7e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2201  AraC family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 315 aa  261  8e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2008  transcriptional regulator, AraC family  46.69 
 
 		 315 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232037  normal  0.400947 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2360  AraC-like transcriptional regulator  43.3 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 346 aa  258  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1688  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 316 aa  255  7e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 314 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 321 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 314 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 314 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 314 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 314 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 314 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  39.86 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 322 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3041  AraC family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.992467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3158  AraC family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 322 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3119  AraC family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3103  AraC family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 328 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2489  AraC family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6454  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 318 aa  206  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35140  AraC family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.939049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2964  putative transcriptional regulator  38.18 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 292 aa  192  6e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3137  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0339  transcriptional regulator, AraC family  35.86 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  36.43 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3270  AraC-like transcriptional regulator  36.62 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0382  transcriptional regulator, AraC family  34.92 
 
 		 346 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 375 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  33.22 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1993  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  35.92 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.613868  normal  0.0985954 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3100  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2425  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.989434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4119  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 297 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  35.19 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3673  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 296 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  32.75 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 288 aa  162  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 312 aa  157  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  33.68 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  32 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 338 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 338 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 331 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  33.78 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0833  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2978  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000211  transcriptional regulator AraC family  32.72 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  35.82 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2598  transcription regulator protein  36.97 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3228  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  35.12 
 
 		 313 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  148  9e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0780  transcriptional regulator, AraC family  30.9 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1095  transcriptional regulator, AraC-family  30.77 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05946  hypothetical protein  31.62 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2755  transcriptional regulator, AraC family  33.1 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.877904 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>