More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2070 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2425  AraC family transcriptional regulator  94.35 
 
 		 301 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.989434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3270  AraC-like transcriptional regulator  95.02 
 
 		 301 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  94 
 
 		 301 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4119  AraC family transcriptional regulator  71.33 
 
 		 296 aa  418  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1993  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  70.28 
 
 		 297 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.613868  normal  0.0985954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  68.15 
 
 		 297 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 306 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35140  AraC family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 296 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.939049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2964  putative transcriptional regulator  44.48 
 
 		 295 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  45.23 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  41.64 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  42.28 
 
 		 304 aa  228  7e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0382  transcriptional regulator, AraC family  42.09 
 
 		 346 aa  226  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0339  transcriptional regulator, AraC family  41.52 
 
 		 329 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  40.98 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 314 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 375 aa  219  5e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  42.09 
 
 		 299 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 322 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  43.26 
 
 		 292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3137  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 328 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46400  putative transcriptional regulator  41.37 
 
 		 321 aa  211  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000127078  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  39.93 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 346 aa  211  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7040  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 323 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.165812  normal  0.300758 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4538  AraC family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 323 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1452  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 323 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6376  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 323 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 325 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6918  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2201  AraC family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3158  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3041  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.992467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2008  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232037  normal  0.400947 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6454  AraC family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3673  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6479  AraC family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 323 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1688  transcriptional regulator, AraC family  39.04 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3119  AraC family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5726  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.869518 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3103  AraC family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2489  AraC family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 314 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 288 aa  189  5e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2360  AraC-like transcriptional regulator  35.66 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1095  transcriptional regulator, AraC-family  38.06 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000211  transcriptional regulator AraC family  38.78 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  38.16 
 
 		 289 aa  177  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0844  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7040  transcriptional regulator AraC family  36.27 
 
 		 310 aa  173  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3543  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  37.59 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0733434 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05946  hypothetical protein  37.96 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  37.06 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  38.87 
 
 		 303 aa  168  9e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2498  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467728  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2755  transcriptional regulator, AraC family  38.62 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.877904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  36.79 
 
 		 289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1549  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.54804 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  39.67 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  38.21 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  34.93 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  32.76 
 
 		 336 aa  162  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3100  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 315 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  34.34 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  37.8 
 
 		 317 aa  159  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32460  transciption regulator, AraC-family  38.33 
 
 		 269 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2556  AraC-like transcriptional regulator  37.02 
 
 		 297 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.496188  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2981  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 321 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.873527 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  34.57 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3052  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>