More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3270 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3270  AraC-like transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2425  AraC family transcriptional regulator  97.01 
 
 		 301 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.989434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  95.02 
 
 		 301 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  95 
 
 		 301 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4119  AraC family transcriptional regulator  73.38 
 
 		 296 aa  431  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  69.86 
 
 		 297 aa  410  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1993  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  70.98 
 
 		 297 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.613868  normal  0.0985954 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2964  putative transcriptional regulator  43.79 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35140  AraC family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 296 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.939049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  45.64 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  40.93 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  41.85 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0382  transcriptional regulator, AraC family  41.73 
 
 		 346 aa  225  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0339  transcriptional regulator, AraC family  41.16 
 
 		 329 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  42.09 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 375 aa  219  5e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  42.09 
 
 		 318 aa  219  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  42.09 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 322 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46400  putative transcriptional regulator  41.13 
 
 		 321 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000127078  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6918  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  42.91 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  39.93 
 
 		 322 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7040  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 323 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.165812  normal  0.300758 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1452  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6376  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 325 aa  202  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4538  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3137  AraC family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2201  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 315 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2008  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232037  normal  0.400947 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3041  AraC family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.992467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3158  AraC family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6479  AraC family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 323 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6454  AraC family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 318 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1688  transcriptional regulator, AraC family  39.38 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5726  AraC family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.869518 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3673  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2360  AraC-like transcriptional regulator  35.79 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3103  AraC family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 314 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3119  AraC family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2489  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1095  transcriptional regulator, AraC-family  36.24 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 288 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3543  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  37.41 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0733434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  38.03 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7040  transcriptional regulator AraC family  36.62 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1549  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 318 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.54804 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000211  transcriptional regulator AraC family  37.96 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0844  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 312 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  40.24 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  37.15 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05946  hypothetical protein  37.14 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 323 aa  165  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  37.89 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2498  transcriptional regulator, AraC family  38.87 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467728  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2755  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.877904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  36.2 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  34.56 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  32.65 
 
 		 336 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  37.8 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 310 aa  158  9e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 313 aa  158  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 331 aa  158  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  33.69 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0810  transcriptional regulator, AraC family  34.16 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.542883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  32.97 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2599  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.39443 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  34.15 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  35.15 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3052  AraC family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2981  AraC family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.873527 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0164  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 307 aa  155  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>