More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3908 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  69.2 
 
 		 346 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 322 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  59.86 
 
 		 322 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2008  transcriptional regulator, AraC family  60.48 
 
 		 315 aa  364  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232037  normal  0.400947 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 328 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2201  AraC family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 315 aa  364  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46400  putative transcriptional regulator  58.7 
 
 		 321 aa  361  8e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000127078  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  63.35 
 
 		 314 aa  361  8e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  63.35 
 
 		 321 aa  361  1e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  62.99 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  62.99 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  62.99 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  62.99 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  62.99 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  61.57 
 
 		 314 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4538  AraC family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 323 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  58.84 
 
 		 325 aa  347  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6918  AraC family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 323 aa  345  5e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7040  AraC family transcriptional regulator  57.93 
 
 		 323 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.165812  normal  0.300758 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1452  AraC family transcriptional regulator  57 
 
 		 323 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6376  AraC family transcriptional regulator  57 
 
 		 323 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3119  AraC family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 314 aa  342  4e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3103  AraC family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 314 aa  342  4e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2489  AraC family transcriptional regulator  63.29 
 
 		 314 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3158  AraC family transcriptional regulator  63.99 
 
 		 314 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6454  AraC family transcriptional regulator  64.34 
 
 		 318 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3041  AraC family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 314 aa  338  5e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.992467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6479  AraC family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 323 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5726  AraC family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 323 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.869518 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  55.28 
 
 		 311 aa  330  2e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1688  transcriptional regulator, AraC family  57.73 
 
 		 316 aa  325  7e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2360  AraC-like transcriptional regulator  49.66 
 
 		 310 aa  317  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35140  AraC family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 296 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.939049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2964  putative transcriptional regulator  49.31 
 
 		 295 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3100  AraC family transcriptional regulator  55.24 
 
 		 295 aa  285  8e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  50.91 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 297 aa  275  7e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 297 aa  275  7e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.75 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  48.75 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  48.75 
 
 		 318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  48.75 
 
 		 299 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  48.75 
 
 		 318 aa  273  3e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 299 aa  273  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0382  transcriptional regulator, AraC family  47.43 
 
 		 346 aa  272  6e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0339  transcriptional regulator, AraC family  45.14 
 
 		 329 aa  267  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 299 aa  263  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0844  transcriptional regulator, AraC family  44.48 
 
 		 312 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4119  AraC family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 296 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1549  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 318 aa  242  6e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.54804 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7040  transcriptional regulator AraC family  43.55 
 
 		 310 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  44.48 
 
 		 292 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3137  AraC family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3270  AraC-like transcriptional regulator  41.75 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2425  AraC family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.989434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  36.2 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  38.57 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1993  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  38.08 
 
 		 297 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.613868  normal  0.0985954 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 288 aa  203  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 312 aa  201  8e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  39.21 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  39.26 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3673  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 306 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  35.94 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0833  transcriptional regulator, AraC family  37.64 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1095  transcriptional regulator, AraC-family  39.03 
 
 		 294 aa  192  6e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 302 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  39.36 
 
 		 289 aa  191  9e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05946  hypothetical protein  39.18 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0780  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  37.27 
 
 		 311 aa  189  5e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000211  transcriptional regulator AraC family  39.18 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 329 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  35.54 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5491  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2256  AraC family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1083  AraC family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  37.19 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  37.45 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  37.72 
 
 		 303 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4417  AraC family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756326  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>