More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4585 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 291 aa  607  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  36.55 
 
 		 286 aa  172  5.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.8 
 
 		 268 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 261 aa  109  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 270 aa  109  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  28.52 
 
 		 270 aa  108  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 270 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 269 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 261 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  28.91 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 269 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  33.97 
 
 		 268 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  35.17 
 
 		 272 aa  92.4  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 290 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  30.04 
 
 		 266 aa  92  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 269 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 269 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  34.48 
 
 		 272 aa  89.4  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 286 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 271 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 275 aa  85.9  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 267 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.21 
 
 		 270 aa  85.1  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  32.87 
 
 		 267 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 129 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  22.07 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0285  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 269 aa  78.2  0.0000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000546061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  25 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 270 aa  75.5  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.86 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  36.56 
 
 		 282 aa  72.4  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  37.12 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 341 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 317 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46400  putative transcriptional regulator  24.08 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000127078  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  37.63 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  27.91 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 331 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 307 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 134 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  33.59 
 
 		 286 aa  67  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3673  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 339 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  24.21 
 
 		 307 aa  66.2  0.0000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0079  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 187 aa  66.2  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 281 aa  65.5  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 279 aa  65.5  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2556  AraC-like transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.496188  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  33.65 
 
 		 265 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0723  AraC-like transcriptional regulator  37.93 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.489115  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 336 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  34.78 
 
 		 255 aa  65.1  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  34.41 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  32.97 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  37.63 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0094  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 185 aa  63.9  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  33.06 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  36.78 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  36.14 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  36.36 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>