More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0914 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 290 aa  599  1e-170  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 293 aa  235  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  38.19 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  33.68 
 
 		 286 aa  169  6e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 282 aa  99.8  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 268 aa  97.1  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 270 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 265 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 269 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 269 aa  86.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 261 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  23.75 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 270 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 270 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  25.12 
 
 		 261 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 267 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  23.79 
 
 		 272 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  27.8 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  23.22 
 
 		 272 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.29 
 
 		 270 aa  79.7  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  22.45 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  22.9 
 
 		 272 aa  78.2  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  29.44 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 271 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 310 aa  75.5  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 267 aa  75.5  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 129 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37 
 
 		 164 aa  73.6  0.000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  45.33 
 
 		 269 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  37.11 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  25.51 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3673  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 286 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 265 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0392  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 234 aa  72  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  26.83 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 150 aa  71.6  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  37.11 
 
 		 140 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  34.34 
 
 		 270 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 150 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 150 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 150 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.02 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.26 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4299  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 144 aa  67  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  40 
 
 		 268 aa  67  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  23.53 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.64 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5736  transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.756773 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 316 aa  65.5  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  20.25 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 		 282 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  20.25 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  32.99 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  36.08 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  25.86 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3544  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 331 aa  63.9  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  22.26 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2321  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.612609 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 342 aa  62  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7057  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 333 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.24419 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 267 aa  62  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5355  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 340 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.924239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  30.5 
 
 		 291 aa  62.4  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 332 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  22.67 
 
 		 324 aa  62  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>