More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6017 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 270 aa  566  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  65.56 
 
 		 270 aa  385  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  64.04 
 
 		 267 aa  378  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  68.05 
 
 		 272 aa  379  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  67.29 
 
 		 272 aa  374  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  60.61 
 
 		 265 aa  351  8e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  62.12 
 
 		 272 aa  350  1e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  52.92 
 
 		 270 aa  296  3e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  52.53 
 
 		 271 aa  288  5.0000000000000004e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  48.44 
 
 		 267 aa  271  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  47.49 
 
 		 264 aa  266  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  41.09 
 
 		 270 aa  203  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 271 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 265 aa  182  7e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  39.53 
 
 		 268 aa  180  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  39.5 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  38.87 
 
 		 275 aa  169  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 269 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  34.73 
 
 		 268 aa  166  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 		 269 aa  155  8e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 266 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  37.55 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  33.19 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 291 aa  102  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  24.5 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  44.68 
 
 		 129 aa  89.4  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  21.51 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 290 aa  82  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  22.27 
 
 		 271 aa  75.5  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  22.98 
 
 		 278 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  41.25 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  29.01 
 
 		 286 aa  67  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  26.56 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 286 aa  65.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  30.95 
 
 		 241 aa  65.5  0.0000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  22.73 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  37.97 
 
 		 329 aa  63.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 164 aa  63.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  38.96 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  21.25 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  31.87 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1958  helix-turn-helix domain-containing protein  31.91 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  45.71 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  37.66 
 
 		 319 aa  58.9  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  40.85 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  34.74 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  32.26 
 
 		 332 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 157 aa  58.2  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  28.02 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  26.24 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  29.21 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  23.56 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 361 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 273 aa  57  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 145 aa  57.4  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0079  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 187 aa  57  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  34.09 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  24.46 
 
 		 307 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0094  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 185 aa  57  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  37.97 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  28.85 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 519 aa  55.8  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 339 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 284 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  28.07 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 329 aa  55.8  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 320 aa  55.5  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.77 
 
 		 164 aa  55.5  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>