More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3141 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 271 aa  551  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  56.32 
 
 		 261 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  56.7 
 
 		 266 aa  293  2e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  50.19 
 
 		 269 aa  273  3e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  50.58 
 
 		 261 aa  271  6e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  42.62 
 
 		 268 aa  213  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  45.71 
 
 		 271 aa  211  7.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 270 aa  197  2.0000000000000003e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  40.83 
 
 		 269 aa  190  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 265 aa  188  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  42.62 
 
 		 269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 267 aa  162  6e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  41.44 
 
 		 275 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  35.95 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  35.39 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  36.68 
 
 		 270 aa  150  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.33 
 
 		 264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  33.06 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  33.19 
 
 		 270 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.8 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  34.03 
 
 		 267 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 291 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 293 aa  92  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  23.2 
 
 		 286 aa  89.7  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  23.23 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  32.38 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  23.12 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2022  AraC family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 311 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00965402  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 351 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31 
 
 		 164 aa  58.5  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  23.12 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  24.21 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3696  helix-turn-helix domain-containing protein  30.14 
 
 		 188 aa  58.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 164 aa  57.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 145 aa  58.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  32.63 
 
 		 289 aa  57  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 326 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0441  transcriptional regulator  39.74 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.586724  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  26.21 
 
 		 144 aa  57  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 303 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 329 aa  56.2  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2598  transcription regulator protein  31.58 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 313 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 307 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 319 aa  55.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  34.88 
 
 		 302 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 284 aa  54.7  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 304 aa  54.7  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1235  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 282 aa  54.7  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  29.29 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 150 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  36.46 
 
 		 241 aa  55.1  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 300 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.94 
 
 		 318 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 318 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 318 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  54.3  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 286 aa  53.9  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 299 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 318 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  33.68 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 375 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0991  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 315 aa  54.3  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0397421  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  34.94 
 
 		 318 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 299 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  31.18 
 
 		 289 aa  54.7  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  54.3  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 318 aa  54.3  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 157 aa  54.3  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 134 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  26.56 
 
 		 368 aa  53.5  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 382 aa  53.9  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 324 aa  53.5  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 288 aa  53.5  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 293 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>