More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0924 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 267 aa  553  1e-157  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  63.3 
 
 		 270 aa  344  8e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  48.44 
 
 		 270 aa  271  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  52.48 
 
 		 272 aa  266  2e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  51.65 
 
 		 272 aa  264  1e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  48.82 
 
 		 271 aa  261  6e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  52.3 
 
 		 272 aa  258  8e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  50.63 
 
 		 265 aa  257  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  50 
 
 		 264 aa  254  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  50.83 
 
 		 267 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  44.53 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  42.19 
 
 		 270 aa  203  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  39.47 
 
 		 268 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  42.04 
 
 		 271 aa  185  8e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  38.91 
 
 		 265 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  36.82 
 
 		 269 aa  175  9e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  40.39 
 
 		 269 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  36.61 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 268 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 271 aa  156  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 275 aa  155  8e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 282 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  24.69 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  46.81 
 
 		 129 aa  92  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 286 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  26.32 
 
 		 278 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  25 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  24.28 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  36.96 
 
 		 271 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  23.48 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  26.09 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  32.24 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 294 aa  62  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 154 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  28.36 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  28.36 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  41.98 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  28.36 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  32.91 
 
 		 329 aa  59.7  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 301 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  24.08 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  33.33 
 
 		 284 aa  58.9  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  36.26 
 
 		 270 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 361 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2402  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3720  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.422333 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1958  helix-turn-helix domain-containing protein  30.85 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 300 aa  57  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 232 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0094  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 324 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  23.24 
 
 		 329 aa  56.2  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0079  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 187 aa  55.8  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  33.68 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 363 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 303 aa  55.5  0.0000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 312 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2833  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.360969  hitchhiker  0.00326998 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  29.35 
 
 		 293 aa  55.5  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3526  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 335 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.382139  normal  0.568026 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  29.21 
 
 		 295 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 300 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>