More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2402 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3526  AraC family transcriptional regulator  96.72 
 
 
335 aa  665    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.382139  normal  0.568026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2227  AraC family transcriptional regulator  94.03 
 
 
335 aa  647    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12484  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2248  helix-turn-helix domain-containing protein  97.31 
 
 
335 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2402  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
369 aa  752    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09770  AraC family transcriptional regulator  55.26 
 
 
340 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0907  putative transcriptional regulator  57.57 
 
 
311 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2385  transcriptional regulator  53.78 
 
 
341 aa  332  4e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.259464  unclonable  0.0000372406 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 
351 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  34.83 
 
 
354 aa  220  3.9999999999999997e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 
344 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  37.27 
 
 
367 aa  209  9e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  37.96 
 
 
375 aa  207  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  36.96 
 
 
367 aa  206  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  36.68 
 
 
367 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  36.68 
 
 
367 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  36.88 
 
 
367 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
368 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  36.91 
 
 
364 aa  200  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 
368 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 
368 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 
368 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  32.4 
 
 
368 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 
353 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
401 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 
334 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  34.6 
 
 
340 aa  179  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  37.13 
 
 
332 aa  179  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 
339 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  35.65 
 
 
337 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 
337 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 
340 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 
332 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
339 aa  177  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 
332 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 
332 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  38.44 
 
 
332 aa  176  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  38.11 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  38.11 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  36.84 
 
 
324 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  38.11 
 
 
332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  38.11 
 
 
332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  38.11 
 
 
332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  38.11 
 
 
332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 
355 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 
355 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  36.68 
 
 
337 aa  172  6.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  36.69 
 
 
332 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  35.67 
 
 
338 aa  172  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  35.16 
 
 
334 aa  172  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  33.97 
 
 
331 aa  169  6e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3448  AraC family transcriptional regulator  37.15 
 
 
325 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 
344 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  36.48 
 
 
331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 
322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.84 
 
 
334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 
339 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.84 
 
 
343 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  34.08 
 
 
339 aa  166  8e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  34.41 
 
 
324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 
332 aa  164  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  35.81 
 
 
338 aa  162  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  34.84 
 
 
371 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  33.23 
 
 
337 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5042  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 
332 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363358  normal  0.505144 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 
371 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 
371 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 
341 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 
332 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  34.84 
 
 
331 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 
341 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 
341 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 
369 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 
365 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 
341 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 
341 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1614  transcriptional regulator  36.36 
 
 
332 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 
365 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 
421 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  34.52 
 
 
333 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 
341 aa  159  7e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 
338 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  32.05 
 
 
344 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 
365 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 
340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 
314 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 
314 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 
334 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 
314 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 
314 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  34.1 
 
 
336 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  34.1 
 
 
336 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  32.15 
 
 
314 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 
314 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  32.89 
 
 
316 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  32.78 
 
 
343 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 
341 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  32.78 
 
 
336 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  30.77 
 
 
341 aa  150  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>