More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_3893 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 272 aa  562  1.0000000000000001e-159  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  80.3 
 
 		 272 aa  454  1e-127  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  78.89 
 
 		 272 aa  449  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  62.12 
 
 		 270 aa  350  1e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  62.55 
 
 		 270 aa  348  7e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  56.27 
 
 		 265 aa  319  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  58.17 
 
 		 267 aa  318  7e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  52.45 
 
 		 271 aa  281  9e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  53.31 
 
 		 270 aa  275  5e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  51.05 
 
 		 264 aa  260  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  52.3 
 
 		 267 aa  258  9e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  44.03 
 
 		 270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  39 
 
 		 268 aa  185  6e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 269 aa  185  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  38.91 
 
 		 265 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 271 aa  178  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  32.21 
 
 		 268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 269 aa  161  8.000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  36.02 
 
 		 269 aa  160  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  36.55 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  36.15 
 
 		 269 aa  152  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  35.5 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 282 aa  99  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 291 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  41.35 
 
 		 129 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  22.66 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  23.31 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  24.7 
 
 		 278 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  22.9 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  29.76 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  39.08 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  29.37 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  26.12 
 
 		 271 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  24.81 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  33.67 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0079  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  32.98 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0094  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 204 aa  62  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 158 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  20.79 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1958  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  47.89 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1287  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 81 aa  60.1  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00907942  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  33.73 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 363 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  27.84 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  25.3 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  34.52 
 
 		 270 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  26.03 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 276 aa  58.5  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  32.58 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  27.84 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 168 aa  57.4  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  27.84 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  27.84 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  27.84 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  27.84 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  26.8 
 
 		 278 aa  57  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 266 aa  57  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 319 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 319 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 319 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 319 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 329 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5551  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.832185 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  30 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 148 aa  56.6  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  29.55 
 
 		 295 aa  57  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>