More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_4000 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 270 aa  553  1e-157  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  65.93 
 
 		 271 aa  373  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  56.78 
 
 		 265 aa  318  7.999999999999999e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  56.44 
 
 		 268 aa  312  3.9999999999999997e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  44.61 
 
 		 269 aa  243  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  44.19 
 
 		 268 aa  232  5e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  44.03 
 
 		 272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  42.16 
 
 		 272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  41.57 
 
 		 271 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  41.04 
 
 		 272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 		 266 aa  213  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  42.75 
 
 		 269 aa  209  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  41.63 
 
 		 261 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.31 
 
 		 270 aa  204  9e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  42.19 
 
 		 267 aa  203  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  41.09 
 
 		 270 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 270 aa  203  3e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  42.19 
 
 		 265 aa  199  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  41.96 
 
 		 261 aa  200  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  43.68 
 
 		 269 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 		 269 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  42.86 
 
 		 264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  39.38 
 
 		 275 aa  189  4e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 		 267 aa  189  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 282 aa  98.2  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 293 aa  96.7  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  42.53 
 
 		 129 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  25.2 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  22.18 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4307  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  22.01 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2598  transcription regulator protein  32.97 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.48 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  33.33 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  21.81 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  35.8 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  39.02 
 
 		 280 aa  59.7  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  28.26 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  29.79 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  31.52 
 
 		 131 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  29.35 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  31.46 
 
 		 294 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  25.75 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6409  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586073  normal  0.525784 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 519 aa  57  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 296 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 339 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  29.21 
 
 		 327 aa  56.6  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0841  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  32.47 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  31.46 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  31.91 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6121  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 289 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3671  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  30.39 
 
 		 367 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 368 aa  55.8  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 299 aa  55.5  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 367 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1981  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 367 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 284 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 368 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 368 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 368 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 305 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 270 aa  55.5  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  30.39 
 
 		 367 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 367 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 294 aa  54.7  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 368 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 258 aa  55.1  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 292 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 364 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 326 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 285 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  21.15 
 
 		 320 aa  54.7  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>