More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4462 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 271 aa  567  1e-161  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  51.97 
 
 		 270 aa  290  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  52.53 
 
 		 270 aa  288  5.0000000000000004e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  53.85 
 
 		 272 aa  282  4.0000000000000003e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  52.45 
 
 		 272 aa  281  9e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  52.69 
 
 		 272 aa  278  5e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  53.11 
 
 		 265 aa  276  3e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  49.24 
 
 		 270 aa  270  1e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  50.39 
 
 		 267 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  49.8 
 
 		 264 aa  270  2.9999999999999997e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  48.82 
 
 		 267 aa  261  6e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  41.57 
 
 		 270 aa  214  9.999999999999999e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  36.43 
 
 		 268 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  40.31 
 
 		 271 aa  185  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 265 aa  181  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  38.37 
 
 		 268 aa  179  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 		 261 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  35.61 
 
 		 269 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 269 aa  160  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  37.07 
 
 		 269 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  37.71 
 
 		 269 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  35.12 
 
 		 266 aa  152  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 286 aa  96.7  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 282 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 293 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 129 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 286 aa  85.5  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  28.57 
 
 		 278 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 286 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 293 aa  78.6  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  25.47 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  26.1 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  37.23 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1958  helix-turn-helix domain-containing protein  36.26 
 
 		 232 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 286 aa  62  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  35.56 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 326 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  20.98 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  29.69 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2509  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 294 aa  55.8  0.0000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00177278  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  23.93 
 
 		 329 aa  55.8  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 326 aa  55.8  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 309 aa  54.7  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  30.09 
 
 		 327 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  25.66 
 
 		 273 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 164 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  32.03 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  30.11 
 
 		 293 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3940  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 235 aa  54.7  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.423213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3827  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 235 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3914  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 235 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 368 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 319 aa  53.9  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1450  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 301 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.342314 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  23.25 
 
 		 307 aa  53.5  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  32.18 
 
 		 295 aa  53.1  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2484  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 128 aa  53.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.151206  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  22.89 
 
 		 292 aa  53.1  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2387  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 128 aa  53.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  35.23 
 
 		 332 aa  52.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 154 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 285 aa  52.8  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 321 aa  52.4  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 242 aa  52.8  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 316 aa  52.4  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  35.16 
 
 		 327 aa  52.4  0.000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 278 aa  52  0.000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 259 aa  52.4  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 289 aa  52  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 300 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 281 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 323 aa  52  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 313 aa  51.6  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 320 aa  51.6  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 304 aa  51.6  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 292 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4687  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 329 aa  51.2  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0733  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.629568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>