More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2484 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2484  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 128 aa  268  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.151206  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2387  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 128 aa  268  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2833  AraC family transcriptional regulator  82.81 
 
 		 128 aa  228  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.360969  hitchhiker  0.00326998 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 152 aa  106  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2466  transcriptional regulator, AraC family  39.82 
 
 		 313 aa  101  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2755  transcriptional regulator, AraC family  41.44 
 
 		 300 aa  99.4  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 289 aa  99  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  42.99 
 
 		 288 aa  99.4  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  42.99 
 
 		 288 aa  99.4  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 288 aa  99.4  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4660  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  98.2  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4516  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  98.2  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  98.2  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4610  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  98.2  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0547666  normal  0.902957 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4609  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  98.2  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.917171  normal  0.375209 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 289 aa  97.8  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.81 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3930  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105984 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4580  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4304  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  42.06 
 
 		 293 aa  96.3  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4615  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  39.81 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 295 aa  95.5  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  42.06 
 
 		 288 aa  95.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 295 aa  94.4  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0266  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.81 
 
 		 108 aa  94.4  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  8e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  41.12 
 
 		 289 aa  93.6  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 140 aa  92.8  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2238  AraC family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 297 aa  91.7  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1078  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 113 aa  91.7  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.531138 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0677  transposon Tn10 TetD protein  34.65 
 
 		 113 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0620  transposon Tn10 TetD protein  34.65 
 
 		 113 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0739  transposon Tn10 TetD protein  34.31 
 
 		 113 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4021  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 288 aa  88.6  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.185045  normal  0.0217611 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1931  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 118 aa  85.9  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0129269  hitchhiker  0.0018191 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0693  transposon Tn10 TetD protein  33.66 
 
 		 113 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.808673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0634  transposon Tn10 TetD protein  33.66 
 
 		 113 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1997  DNA-binding transcriptional activator MarA  37.04 
 
 		 127 aa  85.5  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0707519 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0332  AraC family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 285 aa  84.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01490  DNA-binding transcriptional dual activator of multiple antibiotic resistance  36.11 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2115  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000178307  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1733  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.11 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2145  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.11 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1691  DNA-binding transcriptional activator MarA  34.96 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1651  DNA-binding transcriptional activator MarA  34.96 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00571718  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1639  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.11 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1816  DNA-binding transcriptional activator MarA  34.96 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1632  DNA-binding transcriptional activator MarA  34.96 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.599726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1674  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.11 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2127  DNA-binding transcriptional activator MarA  36.11 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.299134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01501  hypothetical protein  36.11 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0218777  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1624  DNA-binding transcriptional activator MarA  34.96 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.936948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00261  hypothetical protein  37.39 
 
 		 219 aa  83.6  9e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0268  putative HTH-type transcriptional regulator YkgA  37.39 
 
 		 163 aa  83.6  9e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00257  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.39 
 
 		 283 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3303  transcriptional regulator, AraC family  37.39 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.401511  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1683  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0352  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203769  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0313  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3321  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 283 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1897  AraC family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0436968  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2009  AraC family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 277 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0597  AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 292 aa  82  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 120 aa  80.1  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  38.24 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 292 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  34.51 
 
 		 283 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0701683 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 		 279 aa  78.2  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 281 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1794  putative regulatory protein  33.04 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.227844  normal  0.117823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1796  putative regulatory protein  33.04 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.259376 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  33.04 
 
 		 283 aa  76.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 279 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 299 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 		 291 aa  75.1  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 357 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 357 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 299 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 299 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 299 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>