More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1748 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 270 aa  552  1e-156  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  65.56 
 
 		 270 aa  385  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  62.78 
 
 		 267 aa  359  3e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  62.5 
 
 		 272 aa  357  8e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  61.99 
 
 		 272 aa  355  5.999999999999999e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  62.55 
 
 		 272 aa  348  7e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  55.68 
 
 		 265 aa  328  6e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  49.24 
 
 		 271 aa  270  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  49.01 
 
 		 270 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  47.74 
 
 		 264 aa  247  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  44.53 
 
 		 267 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  41.31 
 
 		 270 aa  204  9e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  42.26 
 
 		 268 aa  191  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 271 aa  185  9e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  39.38 
 
 		 265 aa  183  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 269 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  35.08 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 		 266 aa  165  9e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 		 269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 275 aa  160  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  37.15 
 
 		 269 aa  159  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  34.87 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  36.82 
 
 		 269 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 		 271 aa  136  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 282 aa  104  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 		 129 aa  97.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 293 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  23.63 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  37.78 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  25.79 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  22.31 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  39.51 
 
 		 319 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 323 aa  65.9  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  26.7 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  32.84 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0733  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.629568 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  35.23 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  31.87 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 519 aa  59.3  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  21.29 
 
 		 375 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1287  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 81 aa  59.3  0.00000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00907942  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  29.59 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  24.09 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 284 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  25 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  25.47 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  20.91 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  35.16 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  29.27 
 
 		 307 aa  57.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  20.91 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 154 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  20.91 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  23.97 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  20.91 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  20.91 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  38.75 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  20.91 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  26.99 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 313 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2449  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 313 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 311 aa  57  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  20.91 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  20.99 
 
 		 302 aa  57  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0576  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 287 aa  57  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1657  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.441347  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  28.66 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>