More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5386 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 270 aa  565  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  63.3 
 
 		 267 aa  344  8.999999999999999e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  52.92 
 
 		 270 aa  296  3e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  53.61 
 
 		 272 aa  291  6e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  51.97 
 
 		 271 aa  290  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  53.23 
 
 		 272 aa  288  5.0000000000000004e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  54.55 
 
 		 265 aa  285  7e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  53.31 
 
 		 272 aa  275  5e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  49.01 
 
 		 270 aa  270  2e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  53.06 
 
 		 267 aa  267  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  50.97 
 
 		 264 aa  265  7e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  41.18 
 
 		 270 aa  203  3e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  36.58 
 
 		 269 aa  183  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  36.58 
 
 		 261 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  37.69 
 
 		 268 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 		 268 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 271 aa  176  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  38.98 
 
 		 265 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 261 aa  160  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  35.77 
 
 		 269 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  36.86 
 
 		 269 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  34.85 
 
 		 275 aa  153  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  31.68 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  36.68 
 
 		 271 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 286 aa  116  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  25.4 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  45.74 
 
 		 129 aa  93.2  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 293 aa  89.7  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  28.69 
 
 		 278 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 286 aa  89.4  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 286 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  24.07 
 
 		 271 aa  72  0.000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  27.24 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  30.88 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 164 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  35.56 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  26.12 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  32.95 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  29.86 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  22.45 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 363 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 326 aa  62  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  31.52 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  34.18 
 
 		 329 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 154 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  30.53 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 168 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2509  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00177278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  27.85 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 311 aa  58.9  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1958  helix-turn-helix domain-containing protein  28.21 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  32.97 
 
 		 332 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0094  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 185 aa  58.2  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  39.76 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  32.22 
 
 		 387 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  26.67 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 145 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 292 aa  57  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  34.07 
 
 		 270 aa  57  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  24.3 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0841  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 176 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 307 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  35.23 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0079  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  33.68 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 298 aa  55.8  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  28.68 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2402  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 369 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  28.3 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  29.47 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>