More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1303 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 129 aa  268  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.59 
 
 		 270 aa  97.4  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 265 aa  96.3  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  45.26 
 
 		 282 aa  94  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  45.74 
 
 		 270 aa  93.2  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  46.81 
 
 		 267 aa  92  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  43.27 
 
 		 272 aa  92  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  42.05 
 
 		 286 aa  91.7  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  41.35 
 
 		 272 aa  90.9  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  44.68 
 
 		 270 aa  89.4  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  43.62 
 
 		 261 aa  89  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  42.72 
 
 		 272 aa  88.6  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 271 aa  88.6  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 267 aa  87.8  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.54 
 
 		 264 aa  86.7  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  44.83 
 
 		 269 aa  86.3  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  43.68 
 
 		 271 aa  86.7  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 		 268 aa  85.9  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 261 aa  85.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 269 aa  84.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  42.53 
 
 		 268 aa  84  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  42.53 
 
 		 270 aa  84  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  41.38 
 
 		 266 aa  82.8  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 299 aa  80.9  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  30.83 
 
 		 282 aa  78.6  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  42.53 
 
 		 275 aa  78.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 265 aa  77.8  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  33.64 
 
 		 302 aa  76.6  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  36.26 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 269 aa  75.5  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 290 aa  73.6  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  39 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  38.14 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 304 aa  72  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 286 aa  71.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  31.09 
 
 		 278 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 286 aa  70.9  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 305 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  31.82 
 
 		 271 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  33.63 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 327 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 320 aa  68.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0392  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 274 aa  68.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 305 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 305 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1287  AraC family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 81 aa  67.8  0.00000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00907942  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 363 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 150 aa  67.4  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 331 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 332 aa  67  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 332 aa  67  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 332 aa  67  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 332 aa  67  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 332 aa  67  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 332 aa  67  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 332 aa  67  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 248 aa  67  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 315 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  35.63 
 
 		 286 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 267 aa  66.6  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2321  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 317 aa  65.5  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.612609 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 316 aa  65.5  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 291 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 332 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 332 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  35.63 
 
 		 286 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 311 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 355 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 315 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 332 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 311 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 355 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  28.97 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 285 aa  65.1  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 256 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 315 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 315 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>