More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6177 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
269 aa  550  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  65.04 
 
 
275 aa  370  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  40.78 
 
 
270 aa  194  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  37.84 
 
 
268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  39.37 
 
 
265 aa  181  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 
271 aa  180  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 
270 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
267 aa  170  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 
272 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 
269 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 
265 aa  161  9e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 
272 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  36.02 
 
 
272 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  37.07 
 
 
271 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.15 
 
 
270 aa  159  6e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  37.34 
 
 
261 aa  155  7e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  38.31 
 
 
269 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  38.93 
 
 
264 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 
269 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 
261 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 
267 aa  149  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 
268 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
271 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  37.24 
 
 
266 aa  143  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  32.05 
 
 
282 aa  115  8.999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 
291 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 
286 aa  97.1  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 
293 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  22.45 
 
 
290 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 
286 aa  76.6  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  24.28 
 
 
286 aa  75.9  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 
129 aa  75.5  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 
293 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  23.98 
 
 
278 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  25.3 
 
 
286 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  29.63 
 
 
286 aa  72.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  25.58 
 
 
271 aa  69.3  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  35.44 
 
 
286 aa  69.3  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  25.38 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 
285 aa  65.1  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1958  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 
232 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 
282 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 
306 aa  64.3  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 
232 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 
296 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  40 
 
 
299 aa  63.9  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 
294 aa  63.5  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  26.26 
 
 
282 aa  63.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 
299 aa  63.5  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  30.89 
 
 
291 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 
279 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3720  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 
296 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.422333 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 
318 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 
296 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.32 
 
 
164 aa  60.8  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 
299 aa  60.8  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 
127 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 
296 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 
291 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
300 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 
204 aa  60.1  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 
143 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 
304 aa  59.7  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 
326 aa  59.3  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  32.38 
 
 
292 aa  59.3  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  21.37 
 
 
286 aa  59.3  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  28.72 
 
 
126 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 
318 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  58.5  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 
351 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 
284 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 
313 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 
299 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 
299 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.15 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 
375 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 
290 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2022  AraC family transcriptional regulator  40.3 
 
 
311 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00965402  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 
271 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 
311 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  31.25 
 
 
330 aa  58.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0056  transcriptional activator FtrA  37.5 
 
 
326 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 
304 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1145  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 
326 aa  57.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.480921  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  35.58 
 
 
354 aa  57.4  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  34.15 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  33.75 
 
 
291 aa  57.4  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
285 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 
291 aa  57  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
291 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 
307 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 
323 aa  56.6  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 
310 aa  56.6  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 
311 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 
311 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.48 
 
 
270 aa  56.6  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>