More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5700 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 269 aa  556  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  46.97 
 
 		 271 aa  249  4e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  44.61 
 
 		 270 aa  243  3e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  44.62 
 
 		 268 aa  238  6.999999999999999e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  46.27 
 
 		 265 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  42.97 
 
 		 268 aa  224  9e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  45.23 
 
 		 261 aa  221  9e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 269 aa  204  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  38.02 
 
 		 261 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 266 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  37.74 
 
 		 272 aa  185  7e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  44.98 
 
 		 269 aa  182  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  37.98 
 
 		 272 aa  181  9.000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  38.76 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  40.83 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.47 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 265 aa  172  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 269 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 271 aa  160  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  35.02 
 
 		 267 aa  159  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  35.77 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  36.33 
 
 		 275 aa  155  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  38.3 
 
 		 264 aa  155  7e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 267 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  30.62 
 
 		 286 aa  122  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 282 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 286 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 290 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 293 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  25.69 
 
 		 286 aa  85.5  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 129 aa  84.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  23.79 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  26.29 
 
 		 292 aa  65.5  0.0000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  21.58 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  21.58 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  37.23 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  33.33 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0339  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 329 aa  59.7  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 131 aa  59.3  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3720  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.422333 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  31.63 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  31.11 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 156 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.94 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 318 aa  57  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 294 aa  57  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  32.94 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 375 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 282 aa  57  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  28.68 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  27.93 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3214  AraC family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.727682 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1993  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  30.43 
 
 		 297 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.613868  normal  0.0985954 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 329 aa  56.2  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 328 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  24.23 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 343 aa  55.8  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 311 aa  55.8  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1981  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 322 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  32.89 
 
 		 319 aa  55.5  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 316 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  33.33 
 
 		 302 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 157 aa  55.5  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  32.22 
 
 		 266 aa  55.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  32.22 
 
 		 241 aa  55.1  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 304 aa  55.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  21.69 
 
 		 291 aa  54.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>