More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1981 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1981  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  614  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4219  AraC family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 302 aa  273  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.767301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2283  transcriptional regulator, AraC family  50.72 
 
 		 307 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4307  AraC family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 302 aa  263  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  43.91 
 
 		 312 aa  229  5e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  43.75 
 
 		 307 aa  225  6e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  43.59 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  41.91 
 
 		 312 aa  219  6e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0111  AraC family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00655283  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1083  AraC family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 314 aa  216  5e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  43.57 
 
 		 303 aa  215  5.9999999999999996e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0780  transcriptional regulator, AraC family  42.01 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0833  transcriptional regulator, AraC family  42.22 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  40.5 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 338 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 338 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 338 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 338 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 315 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2981  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 321 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.873527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2599  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 315 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.39443 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2498  transcriptional regulator, AraC family  38.7 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467728  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0625  transcription regulator protein  41.33 
 
 		 321 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2755  transcriptional regulator, AraC family  38.36 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.877904 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 320 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 307 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3606  AraC-like transcriptional regulator  39.25 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  40.15 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  38.16 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 320 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  40 
 
 		 336 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3775  AraC-like transcriptional regulator  37.83 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.795213 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5491  transcriptional regulator, AraC family  38.91 
 
 		 320 aa  185  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2814  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 330 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00480171  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3397  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.973047  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  38.52 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4835  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108272 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3357  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 303 aa  182  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.784583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109166 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  35.9 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  38.81 
 
 		 321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  35.93 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  37.46 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2712  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.974943 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0723  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.065718 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4732  AraC family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583037  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4209  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  36.65 
 
 		 299 aa  175  7e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3237  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 322 aa  175  8e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0968  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0164  transcriptional regulator, AraC family  36.74 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2948  transcriptional regulator, AraC family  37.41 
 
 		 299 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0708341 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2611  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0430862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3074  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.618991  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0407  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  37.59 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6678  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 373 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41036  normal  0.11497 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5835  AraC family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6202  AraC family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 373 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  37.23 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2236  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 272 aa  169  5e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3052  AraC family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2738  AraC-type transcriptional regulator domain protein  38.72 
 
 		 330 aa  168  9e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 327 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  36.82 
 
 		 390 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2591  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.69 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.89886 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7135  AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 329 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1453  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0736  transcriptional regulator, AraC family  34.67 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0807  transcriptional regulator, AraC family  37.09 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6605  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 354 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0589608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0723  AraC-like transcriptional regulator  34.67 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.489115  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4328  AraC-like transcriptional regulator  39.08 
 
 		 306 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 291 aa  162  9e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>