More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3842 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  99.63 
 
 		 273 aa  567  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  100 
 
 		 273 aa  568  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  100 
 
 		 273 aa  568  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  62.22 
 
 		 278 aa  352  5e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  62.59 
 
 		 278 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  62.22 
 
 		 278 aa  348  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  62.22 
 
 		 278 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  61.85 
 
 		 278 aa  346  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  61.48 
 
 		 278 aa  342  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  60.37 
 
 		 278 aa  340  2e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  60.37 
 
 		 278 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  60.37 
 
 		 278 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  60.37 
 
 		 278 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  60.37 
 
 		 278 aa  339  4e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  60 
 
 		 278 aa  338  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  60 
 
 		 278 aa  338  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  60.37 
 
 		 278 aa  338  7e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  60 
 
 		 278 aa  337  9e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  57.51 
 
 		 279 aa  298  8e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  57.51 
 
 		 279 aa  297  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  56.46 
 
 		 281 aa  287  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  56.41 
 
 		 278 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  32.48 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  31.02 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  32.48 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  31.87 
 
 		 282 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  31.77 
 
 		 312 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  31.5 
 
 		 282 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  31.5 
 
 		 282 aa  138  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  31.5 
 
 		 282 aa  138  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  32.12 
 
 		 290 aa  138  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  30.4 
 
 		 282 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  31.91 
 
 		 312 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  31.91 
 
 		 312 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  31.91 
 
 		 312 aa  135  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  31.58 
 
 		 312 aa  135  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  31.91 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  31.91 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  31.91 
 
 		 312 aa  134  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 329 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  34.27 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  23.14 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 282 aa  72.4  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 282 aa  72  0.000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 322 aa  72  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 281 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3720  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.422333 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3072  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0709507  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 339 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  24.8 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 361 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  28.85 
 
 		 337 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 339 aa  67  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  31.62 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  40.66 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  22.87 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 351 aa  65.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 301 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 325 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  25.21 
 
 		 279 aa  65.9  0.0000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  22.31 
 
 		 285 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 1201 aa  65.1  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3734  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 345 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 368 aa  64.7  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  35.05 
 
 		 334 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  35.05 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  23.08 
 
 		 537 aa  65.1  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  33 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>