More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4332 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  100 
 
 
282 aa  595  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  99.65 
 
 
282 aa  594  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  99.65 
 
 
282 aa  594  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  99.65 
 
 
282 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  99.29 
 
 
282 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  79.79 
 
 
312 aa  481  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  79.79 
 
 
312 aa  481  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  79.79 
 
 
312 aa  481  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  79.79 
 
 
312 aa  481  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  79.43 
 
 
312 aa  482  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0471375 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  78.37 
 
 
312 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  79.08 
 
 
312 aa  477  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  78.72 
 
 
312 aa  475  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  78.37 
 
 
312 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  74.38 
 
 
282 aa  442  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 
290 aa  301  6.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 
290 aa  301  6.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 
290 aa  301  6.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  48.34 
 
 
296 aa  258  9e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  46.49 
 
 
284 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 
284 aa  249  4e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  46.86 
 
 
284 aa  248  6e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  33.95 
 
 
278 aa  166  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.082999 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 
278 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 
278 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 
278 aa  163  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 
278 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 
278 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 
278 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  33.58 
 
 
278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  33.58 
 
 
278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  32.84 
 
 
278 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  32.84 
 
 
278 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  32.84 
 
 
278 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  32.47 
 
 
278 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  32.47 
 
 
278 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  30.26 
 
 
278 aa  145  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  32.35 
 
 
279 aa  145  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  31.25 
 
 
279 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  31.5 
 
 
273 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  31.5 
 
 
273 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  30.88 
 
 
273 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  30.51 
 
 
281 aa  136  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  31.14 
 
 
278 aa  132  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 
277 aa  79.3  0.00000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  22.94 
 
 
298 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  28.4 
 
 
294 aa  74.3  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 
285 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 
285 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  30.69 
 
 
537 aa  71.2  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 
285 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.950607 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  23.41 
 
 
286 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  23.97 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  23.97 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  24.81 
 
 
326 aa  68.9  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1172  transcriptional regulator, AraC family  22.89 
 
 
294 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.324704  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.32 
 
 
300 aa  68.2  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  28.06 
 
 
279 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 
285 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  22.9 
 
 
302 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1148  AraC family transcriptional regulator  22.15 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00767065  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  23.77 
 
 
281 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 
285 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 
290 aa  66.2  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2751  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 
285 aa  66.6  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 
272 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  35.71 
 
 
280 aa  66.2  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 
300 aa  66.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  30.13 
 
 
288 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 
316 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 
278 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001306  putative ARAC-type regulatory protein  34.52 
 
 
280 aa  65.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  20.69 
 
 
278 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  29.41 
 
 
530 aa  65.5  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 
277 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 
316 aa  64.7  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 
351 aa  64.7  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  27.08 
 
 
297 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 
277 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  21.48 
 
 
297 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  31.78 
 
 
386 aa  64.3  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  22.58 
 
 
295 aa  64.7  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 
361 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4236  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 
325 aa  63.9  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0374  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 
336 aa  63.9  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 
360 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 
342 aa  63.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  33.72 
 
 
1324 aa  62.8  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  26.27 
 
 
1397 aa  63.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 
293 aa  62.4  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  32.65 
 
 
331 aa  62.4  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  32.69 
 
 
354 aa  62.4  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 
277 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.85 
 
 
497 aa  62.4  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  33.65 
 
 
126 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 
319 aa  62  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>