More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4299 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  97.76 
 
 		 312 aa  640    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  98.4 
 
 		 312 aa  645    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  98.4 
 
 		 312 aa  645    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  97.76 
 
 		 312 aa  640    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  98.4 
 
 		 312 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  97.76 
 
 		 312 aa  640    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  97.76 
 
 		 312 aa  640    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  98.4 
 
 		 312 aa  645    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  100 
 
 		 312 aa  653    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  79.08 
 
 		 282 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  79.43 
 
 		 282 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  79.43 
 
 		 282 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  79.43 
 
 		 282 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  79.43 
 
 		 282 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 282 aa  418  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  54.61 
 
 		 290 aa  301  1e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  54.61 
 
 		 290 aa  301  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  54.61 
 
 		 290 aa  300  2e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  48.34 
 
 		 284 aa  257  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  47.12 
 
 		 284 aa  256  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  47.06 
 
 		 296 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  46.76 
 
 		 284 aa  255  8e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  35.34 
 
 		 278 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  35.34 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 278 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  35.34 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  35.34 
 
 		 278 aa  161  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  35.34 
 
 		 278 aa  161  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  35.34 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  35.34 
 
 		 278 aa  161  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  34.96 
 
 		 278 aa  159  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  33.46 
 
 		 278 aa  149  7e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  32.71 
 
 		 278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  32.71 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  32.71 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  32.71 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  32.33 
 
 		 278 aa  146  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  33.21 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  31.77 
 
 		 273 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  31.77 
 
 		 273 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  31.77 
 
 		 273 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  32.84 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  32.97 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  32.1 
 
 		 281 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 277 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 361 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  38.38 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  23.74 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 298 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29.63 
 
 		 537 aa  71.2  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 319 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  23.42 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  24.38 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001306  putative ARAC-type regulatory protein  39.29 
 
 		 280 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  24.38 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 342 aa  69.3  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 322 aa  69.3  0.00000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4763  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 272 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  29.5 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  22.59 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0374  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  21.84 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  38.1 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.87 
 
 		 1201 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  25.69 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1172  transcriptional regulator, AraC family  22.44 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.324704  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  27.22 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  22.83 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 255 aa  67  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 351 aa  67  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 279 aa  67  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2751  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 285 aa  67  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 281 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>