More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C4378 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  99.29 
 
 		 282 aa  593  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  99.65 
 
 		 282 aa  594  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  100 
 
 		 282 aa  594  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  99.29 
 
 		 282 aa  590  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  98.94 
 
 		 282 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  79.43 
 
 		 312 aa  481  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  79.43 
 
 		 312 aa  481  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  79.43 
 
 		 312 aa  481  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  79.08 
 
 		 312 aa  481  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  79.43 
 
 		 312 aa  481  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  78.01 
 
 		 312 aa  475  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  78.01 
 
 		 312 aa  475  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  78.72 
 
 		 312 aa  475  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  78.72 
 
 		 312 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 282 aa  442  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  52.73 
 
 		 290 aa  301  8.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  52.73 
 
 		 290 aa  301  9e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  52.73 
 
 		 290 aa  301  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  47.97 
 
 		 296 aa  257  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 284 aa  252  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  45.76 
 
 		 284 aa  248  7e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  46.49 
 
 		 284 aa  248  9e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  34.32 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  33.95 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  33.95 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  33.95 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  33.95 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  33.95 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  33.95 
 
 		 278 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  33.95 
 
 		 278 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  33.21 
 
 		 278 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  33.21 
 
 		 278 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  33.21 
 
 		 278 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  32.84 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  32.84 
 
 		 278 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  30.63 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  31.99 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  30.88 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  31.87 
 
 		 273 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  31.87 
 
 		 273 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  31.25 
 
 		 273 aa  137  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  30.15 
 
 		 281 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  30.77 
 
 		 278 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 277 aa  79  0.00000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  27.81 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29.7 
 
 		 537 aa  70.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  25.19 
 
 		 326 aa  69.3  0.00000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  23.02 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  23.55 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1172  transcriptional regulator, AraC family  22.7 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.324704  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  23.55 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  23.74 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  22.9 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  23.36 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1148  AraC family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 323 aa  67  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00767065  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  23.4 
 
 		 281 aa  67  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 278 aa  67  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 285 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2751  transcriptional regulator, AraC family  23.14 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  35.71 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 316 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 300 aa  65.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001306  putative ARAC-type regulatory protein  34.52 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  28.43 
 
 		 530 aa  64.7  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  30.13 
 
 		 288 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  20.69 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  27.08 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 316 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0374  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 336 aa  63.9  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  21.11 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  22.12 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  34.88 
 
 		 1324 aa  63.5  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4236  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 325 aa  63.5  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  26.27 
 
 		 1397 aa  62.8  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 1341 aa  62.8  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 319 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  36.59 
 
 		 1400 aa  62.4  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 275 aa  62.4  0.000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 311 aa  62.4  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  24.37 
 
 		 1347 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>