More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3841 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  100 
 
 		 290 aa  606  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  99.31 
 
 		 290 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  98.97 
 
 		 290 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 282 aa  313  1.9999999999999998e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 		 282 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  54.61 
 
 		 312 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 		 282 aa  301  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 		 282 aa  301  8.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  54.24 
 
 		 312 aa  301  8.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  54.24 
 
 		 312 aa  301  8.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  54.24 
 
 		 312 aa  301  8.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  54.24 
 
 		 312 aa  301  8.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 		 282 aa  301  8.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  52.73 
 
 		 282 aa  301  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  54.61 
 
 		 312 aa  300  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  54.61 
 
 		 312 aa  300  1e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  54.61 
 
 		 312 aa  300  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  54.24 
 
 		 312 aa  301  1e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  52.48 
 
 		 296 aa  289  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  53.65 
 
 		 284 aa  279  3e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  50.91 
 
 		 284 aa  263  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  50.18 
 
 		 284 aa  261  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  36.76 
 
 		 278 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  36.76 
 
 		 278 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  36.76 
 
 		 278 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 		 278 aa  169  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  36.76 
 
 		 278 aa  168  7e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  36.76 
 
 		 278 aa  169  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  36.76 
 
 		 278 aa  169  7e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  36.76 
 
 		 278 aa  168  9e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  36.4 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  33.46 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  33.46 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  33.46 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  33.46 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  33.46 
 
 		 278 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  33.09 
 
 		 278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  32.48 
 
 		 273 aa  141  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  32.48 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  32.48 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  33.45 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  31.75 
 
 		 281 aa  135  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  32.73 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  31.5 
 
 		 278 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 386 aa  74.7  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.9 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0893  putative HTH-type regulatory protein, AraC family  32.97 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.364356  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 326 aa  69.3  0.00000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 327 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 327 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  32.69 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  34.02 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  33.65 
 
 		 345 aa  67.4  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 287 aa  67  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0666  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 322 aa  67  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00660506  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0876  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 405 aa  67.4  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001306  putative ARAC-type regulatory protein  41.79 
 
 		 280 aa  67  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 356 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  41.79 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001334  transcriptional regulator AraC family  27.22 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128083  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  23.69 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 361 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  20.95 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 357 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1172  transcriptional regulator, AraC family  23.22 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.324704  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 324 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 409 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 355 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1507  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  24.79 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  40.3 
 
 		 280 aa  64.7  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  33.33 
 
 		 396 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  24.79 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  38.57 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  38.57 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>