More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3484 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  100 
 
 		 281 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  85.61 
 
 		 278 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  80.66 
 
 		 279 aa  430  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  80.29 
 
 		 279 aa  427  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  56.46 
 
 		 273 aa  308  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  56.46 
 
 		 273 aa  308  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  56.46 
 
 		 273 aa  307  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  53.14 
 
 		 278 aa  298  9e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  53.51 
 
 		 278 aa  297  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  53.14 
 
 		 278 aa  296  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  53.14 
 
 		 278 aa  296  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  53.14 
 
 		 278 aa  296  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  53.14 
 
 		 278 aa  297  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  53.14 
 
 		 278 aa  296  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  53.14 
 
 		 278 aa  296  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  52.77 
 
 		 278 aa  294  9e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  52.4 
 
 		 278 aa  291  9e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  52.77 
 
 		 278 aa  285  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  52.4 
 
 		 278 aa  284  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  52.4 
 
 		 278 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  52.4 
 
 		 278 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  52.03 
 
 		 278 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 296 aa  168  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  30.51 
 
 		 282 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  32.46 
 
 		 312 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  30.51 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  32.46 
 
 		 312 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  32.12 
 
 		 290 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  32.47 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  30.51 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  32.12 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  32.46 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  32.46 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  32.12 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  30.51 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  30.15 
 
 		 282 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  32.09 
 
 		 312 aa  145  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  32.09 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  31.72 
 
 		 312 aa  142  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 328 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 330 aa  72.4  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 361 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 351 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  23.26 
 
 		 285 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1844  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  29.83 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6340  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351976 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  25.97 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 368 aa  69.3  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 356 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.39 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 360 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 360 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4290  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 347 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 368 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  23.14 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 368 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 353 aa  68.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  37.23 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  31.43 
 
 		 367 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 367 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  26.21 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 342 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  28.17 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  31.73 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 355 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  32.69 
 
 		 364 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 279 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  24.21 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>