More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4858 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  100 
 
 		 279 aa  587  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 281 aa  196  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 288 aa  159  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 277 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  31.84 
 
 		 275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 277 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.98 
 
 		 275 aa  109  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  27.03 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 278 aa  102  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.38 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  24.8 
 
 		 273 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  24.8 
 
 		 273 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 543 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  20.54 
 
 		 295 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  24.65 
 
 		 273 aa  67  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  22.9 
 
 		 300 aa  67  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  22.06 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 279 aa  65.5  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 440 aa  64.7  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  22.31 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  23.31 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5406  hypothetical protein  21.85 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.583358 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0591  AraC family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  26.23 
 
 		 537 aa  63.5  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4141  AraC family transcriptional regulator  18.66 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0368552 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  20.22 
 
 		 336 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  23.85 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  25.37 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  19.85 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  19.85 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  19.85 
 
 		 342 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  21.84 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  24.5 
 
 		 307 aa  62  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 773 aa  61.6  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  19.85 
 
 		 337 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  19.85 
 
 		 337 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  21.03 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3855  AraC family transcriptional regulator  19.58 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4513  AraC family transcriptional regulator  19.58 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.24786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  22.27 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  30.52 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  24.63 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 522 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 519 aa  60.5  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  28.03 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0888  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1946  transcriptional regulator, AraC family  22.26 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.192766  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  22.27 
 
 		 308 aa  59.7  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  24.28 
 
 		 284 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  19.85 
 
 		 550 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5791  AraC family transcriptional regulator  19.71 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  19.85 
 
 		 485 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1899  transcriptional regulator, AraC family  22.26 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1500  AraC family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.831009  normal  0.0187399 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1912  AraC family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1337  AraC family transcriptional regulator  19.58 
 
 		 600 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.477585 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 535 aa  59.3  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  23.14 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1931  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 118 aa  58.9  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0129269  hitchhiker  0.0018191 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4407  AraC family transcriptional regulator  18.31 
 
 		 313 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.332097 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3944  AraC family transcriptional regulator  18.31 
 
 		 313 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 312 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  24.71 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  20.78 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4087  two component transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 350 aa  58.9  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  32.14 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2412  transcriptional regulator, AraC family  21.97 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  22.69 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  20.78 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  20.22 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  31.15 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 305 aa  58.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>