More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2635 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 285 aa  591  1e-168  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  48.19 
 
 		 281 aa  295  6e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  45.85 
 
 		 282 aa  263  3e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.68 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 288 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 278 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  30.07 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 278 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  31.99 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  30.77 
 
 		 275 aa  132  6e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  26.77 
 
 		 277 aa  123  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 280 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 339 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.66 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 277 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 546 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0888  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 369 aa  73.9  0.000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  22.05 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  24.15 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  24.05 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 279 aa  72  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  22.1 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  70.1  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  21.01 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0868  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3661  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3531  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 329 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0347  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  34.69 
 
 		 507 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  20.38 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  22.69 
 
 		 273 aa  67  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 276 aa  67  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 529 aa  67  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 258 aa  67  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  22.99 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  24.21 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  25.09 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  24.21 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  23.95 
 
 		 308 aa  67  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  28.81 
 
 		 322 aa  67  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  24.21 
 
 		 282 aa  67  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  25.66 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  24.21 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  22.62 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  21.8 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  22.62 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  19.92 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 329 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  22.31 
 
 		 273 aa  65.5  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  22.31 
 
 		 273 aa  65.5  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  23.02 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  22.62 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  22.99 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  22.62 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 393 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 336 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  23.02 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  31.63 
 
 		 529 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  24.11 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1507  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  22.62 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  22.62 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  31.03 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 534 aa  64.3  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0385  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 766 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 485 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  20.68 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  33.67 
 
 		 507 aa  64.3  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  24.44 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>