More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_10188 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  100 
 
 		 275 aa  555  1e-157  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 282 aa  142  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 285 aa  132  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  31.84 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 278 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.23 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  30.33 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1443  transcriptional regulator, AraC family  22.62 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.438941  normal  0.307001 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  23.68 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 302 aa  57  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0591  AraC family transcriptional regulator  18.01 
 
 		 321 aa  55.5  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 286 aa  54.3  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 202 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 299 aa  54.3  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 546 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3119  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.11 
 
 		 293 aa  53.5  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00676861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  20.16 
 
 		 308 aa  53.5  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0347  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 405 aa  53.5  0.000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 386 aa  53.1  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 310 aa  52.8  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  23.11 
 
 		 303 aa  52.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  22.27 
 
 		 284 aa  52.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 411 aa  52.4  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5406  hypothetical protein  22.37 
 
 		 269 aa  52  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.583358 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 773 aa  52  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0385  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 766 aa  52  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 		 412 aa  52  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  31.45 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 509 aa  50.8  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 325 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 313 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  31.82 
 
 		 279 aa  50.8  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6889  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 200 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 204 aa  51.2  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  19.74 
 
 		 291 aa  50.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  27.33 
 
 		 331 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1936  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.52 
 
 		 188 aa  50.4  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  28.95 
 
 		 322 aa  50.4  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  23.49 
 
 		 293 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03839  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 		 283 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4492  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 283 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.494011  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4032  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 283 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  19.15 
 
 		 223 aa  50.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4062  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 283 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4188  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 283 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 305 aa  50.1  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03788  hypothetical protein  26.32 
 
 		 283 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4400  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 283 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.370971  normal  0.467233 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5413  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 283 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 298 aa  49.7  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  21.86 
 
 		 259 aa  49.7  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 359 aa  49.7  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2033  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 267 aa  49.3  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 258 aa  49.7  0.00006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 339 aa  48.9  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0888  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 369 aa  48.9  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  21.31 
 
 		 279 aa  48.9  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  17.74 
 
 		 296 aa  48.9  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  26.32 
 
 		 278 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 409 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 278 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1034  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 316 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0108866  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 283 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 327 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 327 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 283 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  26.32 
 
 		 278 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 260 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  17.86 
 
 		 283 aa  48.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3531  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 291 aa  48.1  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 299 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 409 aa  48.1  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 250 aa  47.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4951  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 187 aa  47.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 440 aa  48.1  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 300 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0868  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 291 aa  48.1  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 254 aa  48.1  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 315 aa  47.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  29.17 
 
 		 507 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 295 aa  47.8  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  26.02 
 
 		 299 aa  47.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  28.72 
 
 		 324 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3661  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 291 aa  48.1  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 409 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 296 aa  47  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 324 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  29.79 
 
 		 324 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  30.14 
 
 		 295 aa  47.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 345 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>