More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3182 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  647    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 315 aa  334  1e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 310 aa  319  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  52.84 
 
 		 308 aa  306  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 325 aa  295  7e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  44.3 
 
 		 298 aa  277  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  42.96 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  44.24 
 
 		 287 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  42.86 
 
 		 301 aa  235  8e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  42.86 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 301 aa  229  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  39.53 
 
 		 299 aa  228  8e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  44.64 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 328 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 294 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 294 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  38.43 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  40.84 
 
 		 294 aa  202  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 330 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  39.41 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 339 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 312 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 312 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 312 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 329 aa  195  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 329 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 329 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 329 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 326 aa  189  5e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  38.81 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  36.16 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  38.66 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.36 
 
 		 319 aa  168  9e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 291 aa  160  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  33.86 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  33.84 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 		 281 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  32.5 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 289 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.3 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 256 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  31.32 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  30.68 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  30.45 
 
 		 324 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  30.07 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.03 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5280  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.54 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.17 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2546  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  29.39 
 
 		 284 aa  126  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 325 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 327 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 327 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 281 aa  122  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 324 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>