More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3661 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A0868  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3661  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3531  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  54.96 
 
 		 283 aa  316  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  54.96 
 
 		 283 aa  316  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  55.36 
 
 		 278 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  55.36 
 
 		 278 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 278 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4032  transcriptional regulator, AraC family  53.93 
 
 		 283 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4400  AraC family transcriptional regulator  53.93 
 
 		 283 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.370971  normal  0.467233 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5413  transcriptional regulator, AraC family  53.57 
 
 		 283 aa  311  9e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03839  predicted DNA-binding transcriptional regulator  53.57 
 
 		 283 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4062  AraC family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 283 aa  311  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03788  hypothetical protein  53.57 
 
 		 283 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4188  AraC family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 283 aa  311  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4492  AraC family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 283 aa  311  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.494011  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0893  putative HTH-type regulatory protein, AraC family  36.04 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.364356  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 279 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  34.98 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  34.98 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2751  transcriptional regulator, AraC family  34.98 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001306  putative ARAC-type regulatory protein  34.53 
 
 		 280 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  34.28 
 
 		 285 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 285 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  34.53 
 
 		 280 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 502 aa  88.2  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  43.43 
 
 		 513 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 440 aa  86.3  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 544 aa  84  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 548 aa  82.8  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  37.38 
 
 		 365 aa  82  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 		 534 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 430 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 359 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 1201 aa  79  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  35.65 
 
 		 304 aa  79  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 356 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4087  two component transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  40.54 
 
 		 492 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  35.09 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  35.09 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  35.09 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  35.09 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  35.09 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 515 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002640  transcriptional regulator AraC family  38.53 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 519 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 544 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  32.04 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 519 aa  73.2  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 546 aa  71.6  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 525 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 427 aa  71.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0385  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 766 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 493 aa  70.5  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 532 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 146 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 539 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4063  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.453209 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 537 aa  69.7  0.00000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4001  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.940351  normal  0.48087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3876  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3892  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 531 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 348 aa  68.9  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3956  putative regulatory protein  28.19 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0244269  normal  0.828136 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 509 aa  68.9  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 538 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 285 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 526 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 253 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 533 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 282 aa  67.4  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  25.13 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 517 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 531 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0171  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 719 aa  67  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 529 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03436  putative regulatory protein  27.52 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 274 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3907  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.869248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4950  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03387  hypothetical protein  27.52 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 519 aa  66.2  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>