More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3204 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  629  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0868  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  28.36 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5518  response regulator receiver protein  33.14 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484795  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 160 aa  72.8  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  34.06 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  40.7 
 
 		 1201 aa  72.8  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 259 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 531 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03839  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.85 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4032  transcriptional regulator, AraC family  32.85 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5413  transcriptional regulator, AraC family  32.85 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 543 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4400  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.370971  normal  0.467233 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4062  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4188  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 519 aa  67.4  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4492  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.494011  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03788  hypothetical protein  32.85 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.39 
 
 		 274 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 334 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 282 aa  67  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  43.01 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  29.18 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 430 aa  65.9  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 265 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  41.98 
 
 		 337 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 304 aa  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 1341 aa  65.5  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 506 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3015  transcriptional regulator  35.63 
 
 		 283 aa  65.1  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.103584  normal  0.15969 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  21.31 
 
 		 537 aa  65.5  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 337 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  32.28 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.77 
 
 		 385 aa  65.1  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1007  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114104 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 408 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 408 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1485  helix-turn-helix domain-containing protein  26.47 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.232503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 202 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 148 aa  63.9  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 686 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  37.36 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 686 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 118 aa  63.9  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  37.36 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 157 aa  63.9  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  30.69 
 
 		 1374 aa  63.5  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 532 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  41.96 
 
 		 322 aa  63.5  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 		 168 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2734  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 764 aa  63.2  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000030307  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 326 aa  63.2  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 532 aa  63.2  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 513 aa  62.8  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 493 aa  62.8  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  27.62 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  24.79 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 296 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  38.2 
 
 		 314 aa  62  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  37.63 
 
 		 289 aa  62.4  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 529 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.43 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  40.45 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>