More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3015 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3015  transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  560  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.103584  normal  0.15969 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 284 aa  181  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2481  AraC family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 279 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0594391  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5606  transcriptional regulator, AraC family  23.44 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0545512  normal  0.986843 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  28.63 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  35.97 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  38.39 
 
 		 180 aa  71.6  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  31.47 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1138  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283837  normal  0.0213707 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  41.11 
 
 		 337 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  40.86 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 337 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  28.46 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  41.98 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  28.46 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 546 aa  69.3  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  28.46 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 506 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  26.69 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  26.69 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  26.69 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  26.69 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  26.69 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  68.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  36.28 
 
 		 202 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  27.31 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  27.27 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  26.69 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  26.29 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 277 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 526 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0837  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  24.63 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126222 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  30.36 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  39.51 
 
 		 339 aa  65.9  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 1201 aa  65.5  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  37.8 
 
 		 343 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  27.56 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1066  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 289 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 129 aa  64.7  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  31.08 
 
 		 257 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  26.77 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  34.15 
 
 		 198 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0392  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 345 aa  63.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  23.45 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 365 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  23.67 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 421 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1709  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  23.23 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1945  transcriptional regulator, AraC family  34.1 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 365 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  24.21 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 365 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>