More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_0500 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  100 
 
 		 279 aa  578  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  97.49 
 
 		 279 aa  535  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  79.86 
 
 		 278 aa  424  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  80.29 
 
 		 281 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  57.51 
 
 		 273 aa  318  3.9999999999999996e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  57.51 
 
 		 273 aa  318  3.9999999999999996e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  57.51 
 
 		 273 aa  317  1e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  51.66 
 
 		 278 aa  290  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  52.03 
 
 		 278 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  52.03 
 
 		 278 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  51.66 
 
 		 278 aa  289  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  51.66 
 
 		 278 aa  289  4e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  51.66 
 
 		 278 aa  288  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  51.66 
 
 		 278 aa  288  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  51.66 
 
 		 278 aa  288  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  51.29 
 
 		 278 aa  286  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  51.29 
 
 		 278 aa  286  2e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  52.94 
 
 		 278 aa  285  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  53.85 
 
 		 278 aa  284  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  53.85 
 
 		 278 aa  284  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  52.57 
 
 		 278 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  53.48 
 
 		 278 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  32.35 
 
 		 282 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  32.35 
 
 		 282 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  32.35 
 
 		 282 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  31.99 
 
 		 282 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  32.35 
 
 		 282 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  33.21 
 
 		 312 aa  152  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 282 aa  152  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  33.21 
 
 		 312 aa  152  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  33.21 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  33.21 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  33.21 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  33.21 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  32.84 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  33.45 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  33.45 
 
 		 290 aa  149  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  33.45 
 
 		 290 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  32.47 
 
 		 312 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 284 aa  145  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  73.9  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  35.85 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  26.87 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  22.69 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  32.59 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  24.11 
 
 		 269 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 1201 aa  70.1  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  21.4 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 315 aa  67  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  22.1 
 
 		 282 aa  67.4  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 273 aa  67  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 290 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 353 aa  66.2  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2022  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00965402  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  27.5 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 368 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 368 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 368 aa  65.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 336 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.94 
 
 		 289 aa  65.5  0.0000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 361 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  30.77 
 
 		 367 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  40.54 
 
 		 1366 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 368 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 364 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 367 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 367 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>