More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1419 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  588  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001306  putative ARAC-type regulatory protein  90.36 
 
 		 280 aa  513  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  89.64 
 
 		 280 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0893  putative HTH-type regulatory protein, AraC family  67.97 
 
 		 284 aa  414  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.364356  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  36.82 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  36.82 
 
 		 285 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  36.82 
 
 		 285 aa  189  4e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  36.82 
 
 		 285 aa  189  4e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 285 aa  189  4e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 285 aa  189  4e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2751  transcriptional regulator, AraC family  36.82 
 
 		 285 aa  188  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 285 aa  185  7e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 278 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 283 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  36.46 
 
 		 278 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  36.46 
 
 		 278 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3661  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 291 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0868  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 291 aa  175  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3531  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 291 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 283 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4032  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 283 aa  172  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4400  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 283 aa  172  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.370971  normal  0.467233 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03788  hypothetical protein  34.69 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03839  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4062  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4188  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4492  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.494011  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5413  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 283 aa  169  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  36.22 
 
 		 515 aa  89  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 513 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  36.73 
 
 		 537 aa  82.4  0.000000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  43.16 
 
 		 365 aa  80.5  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  43.16 
 
 		 427 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 538 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  34.4 
 
 		 532 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1394  two component AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 523 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2452  two component transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 509 aa  77  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0693402  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 546 aa  77  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 362 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 544 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 509 aa  76.3  0.0000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 519 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 146 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 1201 aa  72.8  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002640  transcriptional regulator AraC family  36.56 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  30 
 
 		 530 aa  72.4  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 532 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 430 aa  72  0.000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4087  two component transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 350 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0990  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 779 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  23.77 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 544 aa  72  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 548 aa  71.2  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 348 aa  70.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 519 aa  70.5  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 326 aa  70.5  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  34.65 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 531 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 502 aa  69.3  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 533 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1145  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 326 aa  68.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.480921  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 341 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  28.06 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 534 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  28.06 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  23.36 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  29.85 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  26.11 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  28.33 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 356 aa  67.4  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0868  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3876  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4063  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.453209 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  33.66 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 492 aa  67.8  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3892  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4001  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.940351  normal  0.48087 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  28.57 
 
 		 312 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3907  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.869248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  28.36 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>