More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3156 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  587  1e-166  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 285 aa  257  1e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 286 aa  149  4e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0928  AraC family transcriptional regulator  66.2 
 
 		 77 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265632  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 290 aa  92  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 289 aa  87  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 513 aa  86.3  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1237  AraC family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000177874  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  22.91 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  22.61 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 276 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  28.46 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  42.35 
 
 		 250 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 1201 aa  80.9  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  30.28 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  30.28 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 277 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  28.24 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  27.69 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  41.18 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  25.9 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 519 aa  77  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  25.9 
 
 		 271 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 304 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  24.15 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  24.15 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 278 aa  75.5  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1355  transcriptional regulator, AraC family  22.3 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000118066  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  24.55 
 
 		 276 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  25.68 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 515 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  22.74 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  30.69 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 430 aa  73.6  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  30.69 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3661  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  22.48 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 533 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  33.06 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  22.06 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 273 aa  73.2  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  32.32 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1486  AraC family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.012343 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  30.69 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  24.15 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 276 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  21.65 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  21.65 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  32.04 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6612  transcriptional regulator  23.29 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1736  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.409703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  32.24 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 360 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.36 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 517 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>