More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0709 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  612  9.999999999999999e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 296 aa  89  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  21.89 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 285 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  24.45 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  32.76 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  29.2 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 134 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 686 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 686 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  33.68 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 120 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  34.38 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 310 aa  68.9  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 188 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5075  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  33.68 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3166  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 341 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5202  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0605893 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 318 aa  67  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 386 aa  67  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.68 
 
 		 497 aa  66.2  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  33.68 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2883  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 321 aa  65.9  0.0000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000839866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 294 aa  65.5  0.0000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  22.49 
 
 		 298 aa  65.5  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  24.71 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 282 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  24.82 
 
 		 266 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1058  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  29.7 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  28.97 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 143 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  22.28 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 250 aa  64.7  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1288  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0436335  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2734  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 764 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000030307  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1066  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 327 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4747  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 328 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  24.33 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  29.13 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2672  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 270 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0441  transcriptional regulator  35.54 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.586724  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2988  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  28 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0632  AraC family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 327 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0334632 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>