More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2110 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 305 aa  635    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  35.03 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 354 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 314 aa  176  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  33.22 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 352 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 347 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  29.35 
 
 		 324 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  28.33 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 318 aa  104  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.93 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  31.89 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 342 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  26.92 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.17 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 326 aa  99.8  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 322 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 328 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.57 
 
 		 385 aa  95.9  8e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 337 aa  92.4  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 312 aa  90.9  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 327 aa  90.5  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 327 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 844 aa  89.7  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 325 aa  89  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 339 aa  89  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3134  helix-turn-helix domain-containing protein  27.64 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  26.12 
 
 		 318 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  28.04 
 
 		 334 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 334 aa  87  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.75 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.39 
 
 		 316 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4958  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 165 aa  86.3  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 344 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.74 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 350 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  27.64 
 
 		 791 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 312 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 340 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  24.68 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  29.1 
 
 		 791 aa  79.3  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.33 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4458  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00884299 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 350 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 350 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 317 aa  77.4  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 791 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  28 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  28 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2046  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 326 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 367 aa  76.3  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>