More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6470 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  88.86 
 
 		 350 aa  643    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  92 
 
 		 350 aa  660    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  99.14 
 
 		 350 aa  705    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 350 aa  709    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  92 
 
 		 350 aa  660    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  92 
 
 		 350 aa  658    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 344 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 382 aa  168  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  32.53 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 380 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 382 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 354 aa  126  7e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  33.05 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 352 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  41.92 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 338 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  31.21 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 335 aa  109  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 333 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 335 aa  105  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  28.93 
 
 		 352 aa  105  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 373 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 373 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  32.96 
 
 		 331 aa  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 356 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 332 aa  97.4  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 334 aa  95.9  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 344 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 331 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  29.24 
 
 		 334 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  29.19 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 386 aa  90.5  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 375 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 		 340 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 327 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  29.27 
 
 		 350 aa  86.7  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 330 aa  85.5  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 346 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 346 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 		 351 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  25.16 
 
 		 340 aa  81.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 389 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  26.27 
 
 		 791 aa  80.9  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  24.73 
 
 		 336 aa  79  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.61 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 351 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 346 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 346 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 346 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.44 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  27.21 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  27.21 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 318 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 347 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1604  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 354 aa  75.5  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 318 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 318 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 343 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  41.24 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 330 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 368 aa  74.3  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 316 aa  72.4  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 330 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  29.22 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0853  AraC family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 395 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0449934  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 777 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 339 aa  70.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 342 aa  70.9  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1517  AraC family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 353 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000450911  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0556  AraC family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0696213  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0770  AraC family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 330 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215515  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2058  AraC family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 330 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2088  AraC family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 330 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2148  AraC-type DNA-binding domain-containing proteins  44.21 
 
 		 351 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 328 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>