More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6347 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 344 aa  700    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 391 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 382 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 356 aa  162  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 356 aa  159  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 354 aa  152  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  31.62 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 346 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  31.42 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 351 aa  135  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 318 aa  133  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 338 aa  132  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  28.84 
 
 		 338 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  28.84 
 
 		 338 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 375 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 382 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 334 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 344 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  28.22 
 
 		 382 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  35.47 
 
 		 334 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  32.36 
 
 		 351 aa  112  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 279 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 346 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 319 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 350 aa  99.4  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 313 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 333 aa  94  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 350 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 350 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  28.38 
 
 		 340 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 350 aa  92.8  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  30.92 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 352 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  34.91 
 
 		 348 aa  89.7  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 339 aa  89.4  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 335 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 328 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 791 aa  84.3  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  27.73 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  26.73 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  26.95 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 373 aa  83.2  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 373 aa  83.2  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  23.68 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  29 
 
 		 352 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 327 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.64 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 791 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 368 aa  78.2  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.38 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  27.3 
 
 		 791 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 352 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.38 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.29 
 
 		 342 aa  75.1  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 347 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 330 aa  74.3  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 346 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 346 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 346 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 335 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 777 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 311 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  27.23 
 
 		 333 aa  72  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2148  AraC-type DNA-binding domain-containing proteins  27.98 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0853  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 395 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0449934  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.91 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.91 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  26.91 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.91 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  25.36 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  25.36 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  25.36 
 
 		 319 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.91 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1517  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 353 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000450911  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>