More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3438 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 352 aa  697    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  85.37 
 
 		 340 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  86.23 
 
 		 337 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  78.92 
 
 		 339 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  53.66 
 
 		 335 aa  334  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  55.45 
 
 		 309 aa  317  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 333 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 382 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 373 aa  136  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 373 aa  136  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 344 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 391 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 354 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  27.36 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 380 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 382 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  27.71 
 
 		 386 aa  109  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 338 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 338 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  38.07 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 311 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  27.53 
 
 		 350 aa  99.8  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 352 aa  99.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  29.61 
 
 		 335 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  31.49 
 
 		 334 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  31.49 
 
 		 334 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 344 aa  90.5  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 346 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 329 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  30 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  30 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 350 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 331 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  31.49 
 
 		 351 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 331 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 348 aa  79.3  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  44.33 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 		 336 aa  77  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 356 aa  75.1  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  29.74 
 
 		 340 aa  72.8  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  26.3 
 
 		 340 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  33.07 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 375 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  41.75 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 348 aa  69.3  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  39.81 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  27.57 
 
 		 352 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 279 aa  67  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 325 aa  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0131  transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  33.98 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 777 aa  63.5  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  35.25 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 314 aa  62.4  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 316 aa  62.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  39.62 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 347 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 368 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  44.21 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 327 aa  59.7  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 336 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  37.11 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  37.11 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 352 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  37.11 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>