More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2016 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 337 aa  674    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  84.94 
 
 		 340 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  86.23 
 
 		 352 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  80.78 
 
 		 339 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  51.34 
 
 		 335 aa  329  4e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  52.92 
 
 		 309 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 373 aa  132  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 373 aa  132  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 382 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  27.9 
 
 		 382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  27.41 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 344 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 382 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 352 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  26.93 
 
 		 380 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  29.68 
 
 		 350 aa  105  9e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 334 aa  103  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 334 aa  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 351 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 344 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 311 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 350 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 350 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 350 aa  86.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 350 aa  86.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  27.18 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  28.81 
 
 		 348 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.11 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 329 aa  79.7  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 351 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 346 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.25 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  26.25 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.25 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.25 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.25 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  33.85 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.52 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  26.65 
 
 		 331 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.39 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 318 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 356 aa  69.3  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 307 aa  68.9  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  25.8 
 
 		 352 aa  67  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 186 aa  67  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  26.07 
 
 		 348 aa  67  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  28.25 
 
 		 340 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  29.09 
 
 		 340 aa  63.5  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 325 aa  63.2  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  36.89 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 342 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  33.33 
 
 		 314 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 777 aa  60.8  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  35.51 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0131  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 328 aa  59.7  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 368 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 321 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 327 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 375 aa  57  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  27.85 
 
 		 324 aa  57  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 321 aa  57  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 328 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 316 aa  55.8  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  26.05 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 332 aa  56.2  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  26.05 
 
 		 319 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>