More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3674 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 382 aa  780    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  66.4 
 
 		 380 aa  518  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  64.81 
 
 		 382 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 373 aa  291  1e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 373 aa  291  1e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  41.19 
 
 		 386 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  36.07 
 
 		 350 aa  189  5e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  32.66 
 
 		 352 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  33.55 
 
 		 348 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 350 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 350 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 354 aa  127  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 350 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 350 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 346 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 352 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  27.9 
 
 		 337 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 346 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 375 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 351 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 343 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 329 aa  96.3  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  24.5 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  24.5 
 
 		 334 aa  94  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 331 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 351 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  26.16 
 
 		 352 aa  93.2  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 335 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 309 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 279 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 331 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 777 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 356 aa  87.4  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  23.49 
 
 		 340 aa  87.4  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 356 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 332 aa  84.7  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  27.3 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 318 aa  82.8  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  25.08 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  25.72 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 316 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  27.62 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  22.67 
 
 		 340 aa  73.2  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  23.76 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 319 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0853  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 395 aa  72  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0449934  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  28.92 
 
 		 791 aa  71.2  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 367 aa  70.5  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 389 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1517  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 353 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000450911  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 791 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5609  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2058  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0556  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 373 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0696213  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0770  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215515  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2148  AraC-type DNA-binding domain-containing proteins  27.27 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2088  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  23.25 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  29.45 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 342 aa  66.6  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>