243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2407 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 309 aa  617  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  89.64 
 
 		 335 aa  554  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 352 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  52.92 
 
 		 337 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  53.14 
 
 		 340 aa  305  6e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 339 aa  295  7e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 354 aa  127  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 382 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 344 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 391 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 350 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 350 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 350 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 350 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 338 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  34.3 
 
 		 350 aa  104  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 352 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 350 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 336 aa  97.8  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.68 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 335 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  33.71 
 
 		 348 aa  92.8  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 373 aa  92  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 373 aa  92  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 382 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 334 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  28.09 
 
 		 334 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 338 aa  89  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 338 aa  89  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 346 aa  87  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  26.42 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  29.33 
 
 		 386 aa  84  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 344 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  42.59 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 382 aa  77  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 351 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  27.27 
 
 		 352 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 356 aa  73.9  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  29.01 
 
 		 340 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  38.17 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  33.08 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 389 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 186 aa  66.2  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.42 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.42 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.42 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  28.42 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.42 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 777 aa  63.9  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 		 348 aa  63.5  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 336 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 332 aa  62.8  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  35.35 
 
 		 316 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  32.35 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  28.14 
 
 		 791 aa  61.2  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  35.35 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  31.82 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 342 aa  59.3  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 331 aa  59.3  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1604  AraC family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 330 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 791 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  37.38 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  36.46 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  36.46 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 317 aa  58.2  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>