More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5238 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 348 aa  716    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  39.67 
 
 		 350 aa  211  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 352 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  33.55 
 
 		 382 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 382 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 		 380 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 373 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 373 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 382 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 386 aa  115  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 350 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 350 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 350 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 311 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 354 aa  99.4  9e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 338 aa  94  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  33.71 
 
 		 309 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 346 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 391 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 344 aa  89.7  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  27.65 
 
 		 334 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 340 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 334 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  28.81 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  34.84 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 352 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 346 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  33.54 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  26.3 
 
 		 791 aa  77  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5609  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 171 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 351 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  32.1 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  29.26 
 
 		 352 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 777 aa  73.2  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 356 aa  72.8  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 331 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.04 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  37.4 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.04 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.04 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 356 aa  72  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  32.04 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.04 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  31.49 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  32.89 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  33.11 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.05 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 186 aa  69.3  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  39.62 
 
 		 304 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  34.33 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  33.73 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 791 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.54 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  25.81 
 
 		 791 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0975  transcriptional regulator, AraC family  33.1 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1604  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0853  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 395 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0449934  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 343 aa  62  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1517  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 353 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000450911  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0556  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 373 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0696213  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 279 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2088  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2148  AraC-type DNA-binding domain-containing proteins  33.77 
 
 		 351 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2058  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0770  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215515  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 352 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>