More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2016 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 375 aa  780    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  59.86 
 
 		 279 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  40.92 
 
 		 331 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  39.94 
 
 		 331 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 351 aa  143  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 335 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 344 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 382 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 346 aa  110  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  26.69 
 
 		 382 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 382 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 350 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 350 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 350 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 350 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 356 aa  97.1  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 356 aa  96.3  8e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 338 aa  95.9  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  29.25 
 
 		 350 aa  94.4  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 386 aa  93.6  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 318 aa  93.2  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 338 aa  92  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 332 aa  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 338 aa  92  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 354 aa  89.7  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 344 aa  89.4  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 352 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  27.44 
 
 		 340 aa  87.8  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 373 aa  87.4  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 373 aa  87.4  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 		 380 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 350 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 350 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 329 aa  74.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.86 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  28.39 
 
 		 348 aa  72.8  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 352 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 		 350 aa  69.3  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  24.59 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.38 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  34.45 
 
 		 1370 aa  65.1  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.52 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  39.8 
 
 		 1347 aa  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 332 aa  63.5  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5609  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519002  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  32.71 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  32.71 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  24.5 
 
 		 336 aa  62  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  32.71 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  24.67 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  33 
 
 		 1374 aa  60.1  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 339 aa  59.3  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  23.6 
 
 		 335 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 777 aa  58.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  22.68 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  35 
 
 		 1306 aa  57.4  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 351 aa  57  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  23.43 
 
 		 337 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  29.2 
 
 		 1373 aa  57  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 338 aa  56.2  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.27 
 
 		 299 aa  55.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 327 aa  55.8  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  27.62 
 
 		 1384 aa  56.2  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3517  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 		 305 aa  55.8  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 282 aa  55.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  23.98 
 
 		 340 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 316 aa  54.7  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 315 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 339 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  26.09 
 
 		 314 aa  54.7  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 279 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 328 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  31.87 
 
 		 1376 aa  54.7  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 296 aa  54.3  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.63 
 
 		 316 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 279 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 347 aa  53.9  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>