More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6548 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  98.85 
 
 		 352 aa  710    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  720    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  83.14 
 
 		 346 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  83.14 
 
 		 346 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  83.14 
 
 		 346 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 330 aa  218  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  34.55 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 318 aa  185  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 327 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 329 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 320 aa  170  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 791 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 325 aa  135  9e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.24 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  32.62 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 791 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 330 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  27.12 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  27.12 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  27.12 
 
 		 319 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 368 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  28.8 
 
 		 791 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 326 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 321 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 318 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 328 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 305 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  25.4 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  27.58 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 777 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.62 
 
 		 304 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 323 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 319 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 333 aa  112  8.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  28.81 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  30.67 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  26.43 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 348 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  26.56 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.75 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  27.57 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 844 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.92 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 292 aa  99.8  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 382 aa  99.4  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  22.94 
 
 		 299 aa  96.7  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 354 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 319 aa  96.3  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.19 
 
 		 316 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.76 
 
 		 302 aa  96.3  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.96 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.33 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.22 
 
 		 301 aa  94  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.22 
 
 		 301 aa  94  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.22 
 
 		 301 aa  94  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 325 aa  93.6  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  26.22 
 
 		 301 aa  94  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 301 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.22 
 
 		 301 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 312 aa  93.6  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 331 aa  93.2  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 368 aa  93.2  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 317 aa  91.7  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4500  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 319 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>