More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5389 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 335 aa  667    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.1 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 347 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 312 aa  119  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 325 aa  119  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 352 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 335 aa  112  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  29.33 
 
 		 304 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  28.25 
 
 		 324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.81 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4762  AraC-type DNA-binding domain-containing protein- like protein  31.85 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.505446 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 338 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 338 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 368 aa  106  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 342 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 339 aa  105  9e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.94 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 322 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.63 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.63 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4458  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 328 aa  99.4  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00884299 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  28.63 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.63 
 
 		 301 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.24 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1154  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 322 aa  96.7  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.569492  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  30.03 
 
 		 324 aa  96.3  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  29.88 
 
 		 319 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1058  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 334 aa  94  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 316 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 319 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 354 aa  92.8  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 316 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3102  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 317 aa  89.4  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 298 aa  89.4  8e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 367 aa  88.6  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 332 aa  88.6  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  30.41 
 
 		 318 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  28.34 
 
 		 340 aa  86.3  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  28.37 
 
 		 340 aa  85.9  9e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 318 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.52 
 
 		 342 aa  85.5  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 327 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.9 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 326 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 326 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  25.57 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 313 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 791 aa  79  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.51 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  27.17 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 354 aa  75.9  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  23.1 
 
 		 313 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 316 aa  75.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 325 aa  75.5  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 330 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  25.41 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3134  helix-turn-helix domain-containing protein  23.81 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4320  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 333 aa  73.2  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  26.03 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.11 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 777 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.71 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4308  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0968012 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 373 aa  70.9  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 373 aa  70.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>