More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7915 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 330 aa  671    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  27.36 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 328 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 352 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 320 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 322 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 321 aa  105  7e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 327 aa  103  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 330 aa  96.3  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 318 aa  94.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.29 
 
 		 288 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  27.5 
 
 		 319 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 330 aa  92.4  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.28 
 
 		 385 aa  91.3  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 318 aa  89  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 318 aa  89.4  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 340 aa  89  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4500  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 368 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 317 aa  87.8  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 354 aa  87  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 324 aa  86.7  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 319 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 314 aa  85.9  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  28.26 
 
 		 309 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 368 aa  82.4  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  23.75 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.46 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 389 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 367 aa  79  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 315 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.5 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 326 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.54 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.54 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  25.54 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.54 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  25.18 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.18 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 261 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  23.76 
 
 		 313 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 777 aa  72.8  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3517  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  25.2 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  24.29 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 338 aa  69.3  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  23.43 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  23.43 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  23.43 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.96 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 329 aa  67  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 326 aa  67  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 382 aa  67.4  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5123  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 348 aa  67  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 382 aa  66.6  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  26.6 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 844 aa  65.9  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 791 aa  65.1  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  24.84 
 
 		 386 aa  65.5  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>